COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 16.812960 16.812960 15.700994
2021-01-24 17:00:00 15.241753 15.241753 15.878974
2021-01-23 17:00:00 15.232121 15.232121 16.085347
2021-01-22 17:00:00 16.586369 16.586369 16.345640
2021-01-21 17:00:00 14.763003 14.763003 16.863191
2021-01-20 17:00:00 14.712068 14.712068 17.334226
2021-01-19 17:00:00 14.603303 14.603303 18.007535

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 1.579670 1.579670 4.057862
2021-01-24 17:00:00 4.072171 4.072171 4.371001
2021-01-23 17:00:00 4.139352 4.139352 4.619015
2021-01-22 17:00:00 6.028436 6.028436 4.959907
2021-01-21 17:00:00 3.239114 3.239114 5.396977
2021-01-20 17:00:00 4.390935 4.390935 5.995293
2021-01-19 17:00:00 6.468231 6.468231 6.588294

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 29.831933 29.831933 19.476172
2021-01-24 17:00:00 17.777778 17.777778 19.225040
2021-01-23 17:00:00 12.016293 20.557491 19.554101
2021-01-22 17:00:00 15.178571 15.178571 19.490174
2021-01-21 17:00:00 21.771218 21.771218 19.825103
2021-01-20 17:00:00 15.200000 15.200000 19.565626
2021-01-19 17:00:00 18.126888 18.126888 19.116040

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 24.909747 9.212283 12.160792
2021-01-24 17:00:00 11.587040 11.587040 12.491891
2021-01-23 17:00:00 14.607558 14.607558 12.485438
2021-01-22 17:00:00 13.435560 13.435560 12.805523
2021-01-21 17:00:00 10.960068 10.960068 12.944505
2021-01-20 17:00:00 12.848933 12.848933 12.871322
2021-01-19 17:00:00 8.925234 8.925234 12.802621

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 20.822977 20.822977 13.009366
2021-01-24 17:00:00 9.525082 9.525082 12.722775
2021-01-23 17:00:00 10.037532 10.037532 12.538066
2021-01-22 17:00:00 24.064404 24.064404 12.532224
2021-01-21 17:00:00 10.189534 10.189534 12.616644
2021-01-20 17:00:00 10.223912 10.223912 12.555792
2021-01-19 17:00:00 12.445039 20.713057 12.587946

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 37.403599 37.403599 28.924425
2021-01-24 17:00:00 22.874456 22.874456 28.942718
2021-01-23 17:00:00 33.710757 33.710757 29.277510
2021-01-22 17:00:00 32.942040 32.942040 29.809611
2021-01-21 17:00:00 28.833552 28.833552 30.055457
2021-01-20 17:00:00 23.705959 23.705959 30.057071
2021-01-19 17:00:00 26.969223 26.969223 30.674567

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 19.977925 19.977925 14.258595
2021-01-24 17:00:00 21.112040 21.112040 14.299481
2021-01-23 17:00:00 17.207299 17.207299 14.880051
2021-01-22 17:00:00 9.385382 9.385382 15.499255
2021-01-21 17:00:00 10.233645 10.233645 16.382270
2021-01-20 17:00:00 9.986625 20.908525 17.258979
2021-01-19 17:00:00 11.078575 11.078575 18.279749

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 8.088848 5.571137 7.717448
2021-01-24 17:00:00 8.335307 8.335307 8.012604
2021-01-23 17:00:00 7.986453 7.986453 8.163940
2021-01-22 17:00:00 6.955621 6.955621 8.578857
2021-01-21 17:00:00 7.986026 7.986026 9.191960
2021-01-20 17:00:00 7.855040 7.855040 9.853451
2021-01-19 17:00:00 7.267442 7.267442 10.604258

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 14.682184 11.061768 11.619271
2021-01-24 17:00:00 15.404837 15.404837 11.696200
2021-01-23 17:00:00 12.427023 12.427023 11.802657
2021-01-22 17:00:00 11.558346 11.558346 11.811424
2021-01-21 17:00:00 9.211524 9.211524 12.141807
2021-01-20 17:00:00 11.150235 11.150235 12.697446
2021-01-19 17:00:00 7.316314 7.316314 13.122919

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 23.604263 23.604263 22.049229
2021-01-24 17:00:00 21.056662 21.056662 22.042943
2021-01-23 17:00:00 21.044694 21.044694 22.193151
2021-01-22 17:00:00 22.700023 22.700023 22.326979
2021-01-21 17:00:00 23.312115 23.312115 22.638640
2021-01-20 17:00:00 20.745328 20.745328 22.797221
2021-01-19 17:00:00 20.217391 20.217391 22.888359

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 10.741139 10.741139 10.728486
2021-01-24 17:00:00 17.106549 17.106549 10.637379
2021-01-23 17:00:00 9.026830 9.026830 10.588218
2021-01-22 17:00:00 9.898075 9.898075 10.792570
2021-01-21 17:00:00 11.091393 11.091393 10.828851
2021-01-20 17:00:00 8.552092 8.552092 10.845091
2021-01-19 17:00:00 14.469972 8.901562 11.007771

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 8.048290 8.048290 7.528171
2021-01-24 17:00:00 10.334347 7.933884 7.755818
2021-01-23 17:00:00 6.906475 6.906475 8.026152
2021-01-22 17:00:00 9.421488 9.421488 8.033974
2021-01-21 17:00:00 6.601942 6.601942 8.398272
2021-01-20 17:00:00 6.345476 6.345476 8.714008
2021-01-19 17:00:00 4.972376 4.972376 8.892595

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 56.980057 56.980057 71.195084
2021-01-24 17:00:00 52.484076 52.484076 69.044255
2021-01-23 17:00:00 73.600000 73.600000 69.650109
2021-01-22 17:00:00 98.076923 98.076923 69.997508
2021-01-21 17:00:00 70.049505 70.049505 68.706946
2021-01-20 17:00:00 71.707317 71.707317 66.979281
2021-01-19 17:00:00 137.539432 137.539432 64.960657

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 29.090909 48.652932 51.786561
2021-01-24 17:00:00 42.810458 42.810458 51.559743
2021-01-23 17:00:00 62.866450 62.866450 52.339339
2021-01-22 17:00:00 48.118280 48.118280 52.763033
2021-01-21 17:00:00 42.268041 42.268041 53.746427
2021-01-20 17:00:00 85.802469 85.802469 54.518799
2021-01-19 17:00:00 22.448980 46.655791 54.594872

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 20.442930 20.442930 16.991973
2021-01-24 17:00:00 16.747835 16.747835 17.058713
2021-01-23 17:00:00 16.230823 16.230823 16.840585
2021-01-22 17:00:00 21.937984 21.937984 16.815418
2021-01-21 17:00:00 15.575113 15.575113 17.140562
2021-01-20 17:00:00 15.760728 15.760728 17.615014
2021-01-19 17:00:00 12.346956 12.346956 18.168209

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 19.049881 46.840855 32.028280
2021-01-24 17:00:00 68.781543 68.781543 30.864585
2021-01-23 17:00:00 28.408775 28.408775 30.090850
2021-01-22 17:00:00 27.190171 27.190171 28.987220
2021-01-21 17:00:00 35.056365 35.056365 28.789138
2021-01-20 17:00:00 27.995169 27.995169 28.225602
2021-01-19 17:00:00 16.585366 16.585366 27.929391

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 11.694915 11.694915 8.165450
2021-01-24 17:00:00 7.836991 7.836991 8.069682
2021-01-23 17:00:00 8.451327 8.451327 8.020316
2021-01-22 17:00:00 7.272727 7.272727 8.228991
2021-01-21 17:00:00 5.970898 5.970898 8.392820
2021-01-20 17:00:00 6.670784 6.670784 8.501799
2021-01-19 17:00:00 4.885701 9.592111 8.690367

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 16.993088 16.993088 20.567043
2021-01-24 17:00:00 20.212520 15.294529 21.125895
2021-01-23 17:00:00 20.241217 20.241217 21.982070
2021-01-22 17:00:00 22.238634 22.238634 22.807914
2021-01-21 17:00:00 21.068859 21.068859 23.555371
2021-01-20 17:00:00 24.229578 24.229578 24.387302
2021-01-19 17:00:00 27.336332 27.336332 25.158582

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 13.422392 7.699325 8.484341
2021-01-24 17:00:00 9.070529 9.070529 8.521435
2021-01-23 17:00:00 8.525988 8.525988 8.572550
2021-01-22 17:00:00 7.575490 7.575490 8.814090
2021-01-21 17:00:00 9.011107 7.748119 8.999373
2021-01-20 17:00:00 8.234201 8.234201 9.277897
2021-01-19 17:00:00 5.736729 10.295168 9.503682

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 38.150289 22.421908 22.232837
2021-01-24 17:00:00 21.147260 21.147260 21.671672
2021-01-23 17:00:00 28.400342 28.400342 21.359771
2021-01-22 17:00:00 26.637555 26.637555 21.152532
2021-01-21 17:00:00 21.882173 21.882173 20.781703
2021-01-20 17:00:00 21.776730 21.776730 20.692681
2021-01-19 17:00:00 18.277823 18.277823 20.260905

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 11.267606 11.267606 20.625509
2021-01-24 17:00:00 23.287671 23.287671 21.156721
2021-01-23 17:00:00 10.416667 35.416667 21.989005
2021-01-22 17:00:00 23.170732 23.170732 22.498709
2021-01-21 17:00:00 27.419355 27.419355 22.409182
2021-01-20 17:00:00 13.861386 13.861386 22.419041
2021-01-19 17:00:00 36.170213 18.085106 22.182998

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-25 17:00:00 37.694484 33.333333 36.203621
2021-01-24 17:00:00 39.899833 39.899833 37.338208
2021-01-23 17:00:00 35.129604 35.129604 38.952075
2021-01-22 17:00:00 38.238110 38.238110 38.706318
2021-01-21 17:00:00 31.207218 31.207218 39.693982
2021-01-20 17:00:00 37.729039 37.729039 40.745492
2021-01-19 17:00:00 31.162488 31.162488 41.977711

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.579670 1.579670 4.057862
Basilicata 29.831933 29.831933 19.476172
Calabria 24.909747 9.212283 12.160792
Campania 20.822977 20.822977 13.009366
Emilia-Romagna 37.403599 37.403599 28.924425
Friuli Venezia Giulia 19.977925 19.977925 14.258595
Lazio 8.088848 5.571137 7.717448
Liguria 14.682184 11.061768 11.619271
Lombardia 23.604263 23.604263 22.049229
Marche 10.741139 10.741139 10.728486
Molise 8.048290 8.048290 7.528171
P.A. Bolzano 56.980057 56.980057 71.195084
P.A. Trento 29.090909 48.652932 51.786561
Piemonte 20.442930 20.442930 16.991973
Puglia 19.049881 46.840855 32.028280
Sardegna 11.694915 11.694915 8.165450
Sicilia 16.993088 16.993088 20.567043
Toscana 13.422392 7.699325 8.484341
Umbria 38.150289 22.421908 22.232837
Valle d'Aosta 11.267606 11.267606 20.625509
Veneto 37.694484 33.333333 36.203621

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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